Stargate Atlantis ist ein parallel zu Stargate Kommando SG-1 laufendes Spin-off, welches den Handlungsbogen von Neue Machtverhältnisse, Teil 2 aufgreift und aus Sicht der Atlantis-Expedition weitererzählt.

Die Handlung spielt in der Pegasus Galaxie, in welcher die Menschen die verlassene Antiker Stadt Atlantis mit all ihren Geheimnissen in Besitz genommen haben. Leider gibt es in der Pegasus Galaxie aber auch die Wraith, die es immerhin geschafft haben die Antiker aus Atlantis (Pegasus Galaxie) zu vertreiben und die nur zu gerne über Atlantis auf die Erde kommen würden.

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